Alcúdia durante la época moderna
La entrada en la época moderna no se hizo con buen pie. La unificación de las coronas catalana y castellana trajo consigo un aumento de la conflictividad social.
Fruto de una creciente presión fiscal a inicios del siglo XVI estalló la rebelión de las Germanies (1521). La resolución del conflicto a favor del bando realista, por el cual había optado la Villa de Alcúdia, supuso un cambio importante en la situación de ésta, especialmente por la consecución del título de "Ciudad" (1523) y otros privilegios.
Durante los siglos XVI, XVII y XVIII se sucedieron epidemias como la peste. La ciudad de Alcúdia se protegió con cordones sanitarios formados con la ayuda de las diferentes murallas (las del siglo XIV y el segundo circuito amurallado del siglo XVII levantado a iniciativa de Felipe II).
La instauración del Decreto de Nueva Planta, por parte de Felipe V, supuso el fin de las instituciones propias y la prohibición del uso del catalán.
Durante el siglo XIX la despoblación de Alcúdia se hizo cada vez más patente y no se recuperó hasta las primeras décadas del XX.